Respostas
2) Estruturas análogas e homólogas
3) Órgãos vestigiais
Registro fóssil: de acordo com a camada em que um fóssil é encontrado, é possível identificar o período em que aquele ser viveu. Dessa forma, ao comprar diversos fósseis de períodos diferentes, conseguimos comparar cronologicamente as diferenças. De acordo com os fósseis, no decorrer do tempo as espécies foram aumentando sua complexidade.
Homologias: se considerarmos que alguns organismos possuem um ancestral comum, é natural imaginar que estes organismos também possuem características em comum. Essa é uma observação que podemos fazer de forma muito fácil entre diversas classes animais. Se considerarmos apenas os mamíferos, um bom exemplo é notarmos a semelhança dos fetos das diferentes espécies: logo no início do desenvolvimento, é quase impossível distinguir um feto humano de um de rato.
Evidências celulares e moleculares: com as novas tecnologias ficou muito mais fácil estudar as espécies a nível molecular. A comparação do DNA consegue mostrar a proximidade entre as espécies e também aquilo que as diferencia. Em alguns casos, é possível até coletar DNA de fósseis e compará-lo com o de espécies atuais.
Bônus! Órgãos vestigiais: algumas espécies apresentam órgãos sem função aparente, como é o caso do apêndice nos humanos. Estes órgãos são vestígios de estruturas que um dia foram necessárias, mas que devido à alguma mudança no ambiente ou no comportamento da espécie deixaram de ser importantes. (Muito cuidado para não confundir com a teoria de Lamarck!)