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Para fazer análise microbiológica da água é necessário coletar uma amostra de água e levar para o laboratório e colocar um pouquinho de água dentro de placas de Petre com soluções fe crescimento de microorganismos. Deve se preparar várias placas ilcom diferentes misturas nutritivas para diferentes microorganismos que se deseja pesquisar a presença e também se pode colocar a princípio um pouco de água no microscópico e analisar uma possível contaminação de bactérias ou até mesmo de algum protozoário ou helminto.
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