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No início do século XIX o café atingiu alto valor no mercado europeu. Aproveitando essa oportunidade, em 1830 já era o produto mais exportado pelo Brasil, desbancando o ouro e o açúcar.
A principal região produtora de café era o Vale do Paraíba e, Paraty era o porto mais próximo para embarcar o café com destino a Europa. Começava na vila um movimento nunca antes visto.
Mais de 20.000 animais passavam por ano carregados com sacas de café e outros produtos agrícolas para serem vendidos no Rio de Janeiro.
Renasceu o comércio, apareceram armazéns que compravam e/ou estocavam o café e que era inclusive plantado no município.
Nessa mesma época a economia paratiense foi beneficiada com a vinda da família real em 1808 para o Rio de Janeiro. Acompanhada de toda a nobreza de Portugal e acostumada com elevados índices de consumo, os produtos paratienses eram rapidamente vendidos na capital. Para atender essa demanda, havia uma navegação regular entre Paraty e o Rio de Janeiro feita por dez barcos a vela e um a vapor.
Com o fruto dessa atividade comercial, foi possível construir mais uma igreja – a de Nossa Senhora das Dores. Paralelo e pouco distante do Caminho do Ouro, abriu-se um novo caminho, todo calçado de pedra para que os tropeiros passassem com mais segurança. Em 1808 a população foi calculada em 6.128 habitantes.
Foi nesse período de crescimento que o calçamento das ruas da vila foi terminado. Em 1830 contava-se na vila mais de 400 casas, sendo 40 sobrados, e aproximadamente 10.000 habitantes, dos quais 3.500 eram escravos. Tão intenso estava o desenvolvimento da vila que em 1844 foi elevada com o título de cidade. Nas casas do centro predominavam a arquitetura de armazéns e lojas, com portas no lugar de janelas e, quando sobrado, o comércio era no térreo e a residência no andar superior.
Em 1850 contava-se mais de 150 alambiques em Paraty e 16.000 habitantes. Entretanto a riqueza ficava na mão de poucos. O relevo montanhoso e recortado por vários rios dividia naturalmente as propriedades rurais entre vários pequenos agricultores e/ou produtores de aguardente (no censo de 1920 Angra dos Reis possuía 15 propriedades rurais enquanto em Paraty havia 133). Os intermediários, com seus armazéns e barcos para vender a mercadoria no Rio de Janeiro, conseguiam impor os preços ao produtor garantindo assim boa margem de lucro.