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Fazem parte também do reino protista alguns organismos eucariontes, estes seres possuem núcleo envolto por membrana celular, DNA associado a histonas (principais proteínas que compõe a cromatina e que desempenham um importante papel na regulação dos genes) e organelas como, por exemplo, as mitocôndrias e os cloroplastos.
Recentemente foi proposto um sistema de classificação que classifica os organismos eucariotes entre um dos três principais grupos de seres vivos, ao lado do grupo das bactérias e archae.
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