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Muitas vezes, o termo "bioma" é utilizado como sinônimo de "ecossistema" mas, diferente do ecossistema, à classificação de bioma interessa mais o meio físico (a fisionomia da área, principalmente da vegetação) que as interações que nele ocorrem. O perfil do local e a dimensão também importam na classificação: um ecossistema qualquer só será considerado um bioma se suas dimensões forem de grande escala.
Por exemplo, existe o bioma da Mata Atlântica e, dentro dele, ecossistemas como a floresta ombrófila densa, a mata de araucária, os campos de altitude, a restinga e os manguezais.
Um bioma é definido por um tipo principal de vegetação (embora num mesmo bioma possam existir diversos tipos de vegetação) e também de animais típicos, embora estes não influam tanto na definição. Os biomas brasileiros são a Amazônia, o Cerrado, Caatinga, Mata Atlântica, o Pampa e o Pantanal.
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