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Os agrotóxicos danificam e podem até alterar vários nichos biológicos, seu dano maior é reservado para o solo, em que o contamina, deixando-o mais pobre, uma vez que bactérias (naturais do solo), musgos, minhocas, acabam tendo sua população reduzida, ou seja, a decomposição no solo é reduzida. Além disso, os agrotóxicos podem ser danosos a animais aquáticos, uma vez que a plantação fique próximo de rios, lagos e mares, na água além dos peixes, existem os planctons, que são responsáveis pela decomposição na água, sendo eles um fator essencial para manutenção da água.
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