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As células eucariontes possuem um núcleo, que é o material genético separado do citoplasma, ele fica envolto de uma membrana chamada de carioteca, as células procariontes não possuem núcleo e o seu DNA fica disperso pelo citoplasma da célula.
Outra diferença é que as células eucariontes possuem muitas organelas, e elas são membranosas. As células procariontes possuem apenas o ribossomo que não possui membrana.
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