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É quando o ATP é formado da própria molécula, ou seja, quando um radical fosfato é adicionado a um ADP através de um composto intermediário altamente energético que foi previamente fosforilado. Por exemplo, quando a glicose entra na via glicolítica ela é trabalhada, oxidada, e são adicionados íons fosfato na molécula até que, no final, o produto se encontra pronto, e determinada quantidade de ADP é fosforilada com íons fosfato retirados dessa substância final.
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