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Destacou-se como um dos mais firmes defensores da reforma gregoriana, tendo entrado em conflito com Henrique IV, Sacro Imperador Romano-Germânico, que o mandou encarcerar durante um breve período de tempo.
Destacado para a Saxónia em 1085, encarregou-se de que a maioria das sedes fosse ocupada por clérigos partidários do Papa Gregório VII.
Já nessa altura começou a ser considerado como um dos possíveis sucessores de Gregório VII, embora à morte deste, em 1086, o eleito para lhe suceder tenha sido Desidério, abade de Montecassino, que dirigiu a Igreja de Roma sob o nome de Vítor III durante dois anos e com quem Oto de Lagery se tinha confrontado a princípio. Finalmente, Oto foi eleito Papa por unanimidade em 1088, depois de um pequeno concílio celebrado em Terracina, uma região montanhosa situada a pouca distância de Roma. Diz-se que tanto Gregório VII como Vítor III, com quem se tinha reconciliado, o propuseram como sucessor antes de morrerem. Na sua proclamação tomou o nome de Urbano II.
CONSIDERANDO AS EXIGENCIAS DO TEMPO PRESENTE EU,URBANO (...) PONTIFICE DE TODA A TERRA VENHO ATE VOS SERVIDORES DE DEUS COMO MENSAGEIRO PARA DESVENDAR-VOS O MANDATO DIVINO