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São classificadas em 3 principais grupos: Gran-negativas, que por sua vez se dividem em: não-fotossintetizantes, fotossintetizantes anaeróbias e fotossintetizantes com clorofila a. Gran-positivas, que por sua vez se dividem em: Outros bacilos e cocos e Actinomicetos. Micoplasmas (Sem parede celular).
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