Question

por que o governo insistia em afirmar que não havia tortura?

Answer 1

Porque quanto mais gente soubesse das barbaridades que eles cometiam maior seria a insatisfação e porque tortura é crime contra os direitos humanos, seja qual for a posição de quem pratica. 
Essas pessoas eram presas e torturadas em geral porque se levantaram contra o regime, eram torturadas para dar informações de outras pessoas que estariam tramando contra a ditadura ou simplesmente por represália, porque os caras eram miseráveis, valia tudo pra reprimir qualquer ação subversiva. Pode-se dizer que os estados unidos estimularam a formação de ditaduras para impedir que governos socialistas se instalassem, para impedir o surgimento de aliados da união soviética no continente ameaçando sua hegemonia.