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Na Idade Média, apesar da ampla oposição ao atomismo baseada em considerações teológicas e, especialmente, pela forte influência de Aristóteles, essa doutrina foi realizada por William de Conches e Nicholas Autrecourt.
Além dos quatro elementos clássicos, negando o antigo atomismo, Aristóteles admitiu uma certa substância imaterial, o éter, a partir do qual os corpos celestes e os seres sobrenaturais que governam a natureza são formados.
Essas idéias prevaleceram até o século XVII em uma Europa decadente pela fé religiosa ardente. Até que, graças aos trabalhos experimentais e teóricos de Gassendi, Boyle, Galileo, Newton, Lomonosov e outros, o atomismo foi revivido e aplicado à Física e à Química.
A teoria ganhou novo boom nos séculos XV e XVI, coincidindo com a crítica do aristotelismo, com as idéias de Nicolau de Cusa e Giordano Bruno, chegando a um clímax com a renovação da Gassendi, que considera o atomismo como a hipótese mais razoável para a explicação dos fenômenos da natureza.