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A temperatura dentro dos biodigestores deve ser controlada para que se atinja a produção desejada. As bactérias responsáveis pela biodigestão são bastante sensíveis a variações bruscas de temperatura (variações de 3ºC já são suficientes para provocar a morte da maioria das bactérias digestoras), por isso, em locais onde a amplitude térmica seja MAIOR deve-se dispor de sistemas de aquecimento ou resfriamento auxiliares.
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