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Esta teoria é apoiada por várias semelhanças estruturais e genéticas como, por exemplo, os cloroplastos primários das plantas conterem clorofila b e os das algas vermelhas e glaucophyta conterem ficobilinas. Por outro lado, a análise do genoma de alguns destes organelos mostra a sua origem de outros organismos. Outros tipos de algas possuem cloroplastos que provavelmente têm origem numa endossimbiose secundária (como as atuais zooxantelas simbiontes dos corais) ou por ingestão dum organismo com aqueles organelos.
Atualmente, também se verificam associações de simbiose entre bactérias e alguns eucariontes.
Atualmente, também se verificam associações de simbiose entre bactérias e alguns eucariontes.
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A Teoria Endossimbiótica foi proposta por Lynn Margulis e explica como as mitocôndrias e cloroplastos surgiram nas células eucarióticas. A teoria endossimbiótica foi proposta por Lynn Margulis, em 1981, em um livro intitulado Symbiosis in Cell Evolytion.
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