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A microscopia de fluorescência permite aos usuários determinar a distribuição de uma espécie de molécula simples, sua quantidade e localização dentro de uma célula. Estudos de colocalização e de interação podem ser realizados, e podem ser observadas concentrações de íons, bem como processos intra e intercelulares como endocitose e exocitose.
Com a ajuda da microscopia de fluorescência de super resolução, ainda é possível captar imagens de estruturas de sub-resolução.
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