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Morfologicamente as arqueobactérias e eubactérias são bastante similares e não teria sido possível a descoberta desse novo grupo de organismo não fosse os recentes avanços da biologia molecular. Apesar de que alguns poucos caracteres fisiológicos permitem a distinção entre archae, eubactéria e eucariotos, a distinção entre eles só pode ser feita corretamente através do sequenciamento de DNA. Portanto, a definição de uma arqueobactéria deve permanecer filogenética, e não fenotípica.
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