Question

por que no Brasil a poluição das aguas ou o desmatamento em áreas de nascentes mesmo que praticados dentro de uma propriedade rural são considerados crimes ambientais graves?

Answer 1

A poluição das águas ou o desmatamento  em áreas de nascentes são considerados crimes ambientais graves pois, assim como todos os crimes, assim determina a legislação.

A legislação assim determina, contudo, pois ao poluir águas ou desmatar nascentes o sujeito está colocando em risco não só as suas propriedades como as propriedades em volta, a fauna e a flora locais, prejudicando, possivelmente, boa parte da população e a economia local.

Por conta disto, por ser um crime que prejudica seriamente e que prejudica não só ao dono da propriedade mas como as demais, estes crimes são considerados graves. 

Não devemos esquecer, também, que apesar de a nascente do rio localizar-se dentro da propriedade de alguém, o rio mesmo não é propriedade dos donos das terras - ele usufrui do rio assim como todos os outros, o rio mesmo não pertence a ninguém.