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Estima-se que a peste negra se originou na Ásia e chegou na Europa através de portos sicilianos (Itália) em 1347. A bordo dos navios mercantes, além de cadáveres e marinheiros gravemente adoecidos, haviam ratos pretos (Rattus rattus) contaminados. Essa espécie de roedor tinha facilidade para conviver com as pessoas e encontrou na Europa medieval o habitat perfeito; a higiene precária da época deixava as ruas cheias de lixo e esgoto.
A rápida propagação dos ratos infectados nos centros urbanos fez com que a doença continuasse se expandindo, mesmo que as vias marítimas fossem bloqueadas. Como a igreja se opunha ao avanço científico e farmacológico, era comum acusar de bruxaria qualquer tentativa de encontrar uma cura. Por isso, muitos não entendiam a origem e os mecanismos da doença, e logo tornou-se conhecimento popular que a peste era, na verdade, um castigo divino para os pecadores. Entretanto, a doença atacava também clérigos e senhores feudais, o que fez com que muitos começassem a questionar o sistema da época.
Alguns especialistas apontam que a epidemia chegou ao fim graças ao ciclo natural da doença. Devido a quantidade de mortos, tornou-se mais difícil propagar a enfermidade. Além disso, muitas cidades foram fechadas para estrangeiros e colocaram seus doentes em quarentena, de modo que evitasse a transmissão para outras pessoas.
Após este período, houve surtos recorrentes até o século XIX e ainda hoje a peste negra não foi erradicada. Por ser uma doença ligada às pulgas em roedores, acredita-se que a única maneira de acabar com ela seria acabar com os roedores, o que torna o processo inviável.
Ainda assim, medidas são tomadas por autoridades para prevenir e tratar pulgas de animais em locais urbanos ou perto de grandes populações. Ademais, o saneamento básico na maior parte das zonas habitadas ajuda a manter a doença controlada na maior parte do mundo.