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Consideram apenas 6 filos principais. São eles:
→ Filo Rhizopoda: refere-se aos protozoários rizópodos, ou seja, que se locomovem por pseudópodes.
→ Filo Actinopoda: refere-se aos protozoários que apresentam locomoção por pseudópodes, mas com essa estrutura em formato afilado.
→ Filo Foraminifera: Engloba os protozoários que possuem carapaça externa à célula, rica em perfurações de onde saem os pseudópodes.
→ Filo Aplicomplexa: refere-se aos protozoários esporozoários, ou seja, que não possuem meios de locomoção.
→ Filo Zoomastigophora: Engloba os protozoários que apresentam flagelos como estrutura locomotora.
→ Filo Ciliophora: Engloba os protozoários ciliados, ou seja, que possuem cílios como meio de locomoção.
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