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Cerca de um terço a um quarto do colesterol é transportado por lipoproteínas de alta densidade HDL (high density lipoprotein). Concentrações elevadas de HDL aparentemente protegem o indivíduo contra o infarto do miocárdio. Concentrações baixas de HDL, inferiores a 40 mg/dl, aumentam o risco de doença cardiovascular. Acredita-se que o HDL remove o excesso de colesterol da placa aterosclerótica, retardando ou inibindo a sua formação, além de transportar o colesterol de volta para o fígado, onde é novamente metabolizado. A elevação das concentrações do HDL é alcançada com exercícios, ausência do fumo e peso adequado. Há ainda evidências que o álcool, em pequenas quantidades, promove discreta elevação da concentração de HDL.
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