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Os principais filos dos fungos foram classificados de acordo com suas estruturas reprodutivas, sendo sete no total: Microsporidia (parasitas unicelulares endobióticos), Chytridiomycota (quitrídios), Blastocladiomycota (fungos saprófitas), Neocallimastigomycota (vivem no sistema digestivo de mamíferos herbívoros), Glomeromycota (micorrizas), Ascomycota (alguns cogumelos, trufas e ferrugens), e Basidiomycota (ferrugens e carvões).
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