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Sim, pode prejudicar, na água, podem interferir no metabolismo e no comportamento de organismos aquáticos, e existem fármacos que se acumulam no meio ambiente e trazer doenças na população e animais, além disso, os antibióticos também são preocupantes, pois quando expostos ao meio ambiente, tornam as bactérias resistentes ao antibiótico em questão.
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