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Quanto à classificação através da coloração, as bactérias são diferenciadas por Gram-positivas e Gram-negativas. Este método foi desenvolvido pelo médico Christian Joachim Gram.
Esta coloração é feita por uma lâmina de vidro com esfregaço e lugol. Após o enxague com água, as bactérias são secas e demonstram sua coloração. A diferença baseia-se na camada de peptideoglicanos: as Gram-positivas têm um camada, enquanto as Gram-negativas têm duas camadas, sendo uma externa, de lipoproteína e peptideoglicanos.
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