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Olá,
A revolta da vacina (1904) ocorreu em um certo momento de distúrbio no Rio de Janeiro principalmente, a cidade não contava com um saneamento básico eficiente, o que desencadeava diversas doenças com frequência. Além disso, o país passava por uma certa crise econômica (inflação alta, custo de vida alto). Foi em meio a esse contexto que o presidente iniciou reformas urbanas, iniciando vacinas obrigatórias e reurbanizando a cidade (nesse caso o Rio de Janeiro). Indignada com a forma que isso ocorreu - muitas expulsões de casas, agentes sanitários agiam com truculência, sem nenhum respeito à população, etc. - a população se rebelou. Ademais, muitas questões políticas entraram em jogo nesse momento, muitos opositores do presidente usaram essa revolta como forma de angariar apoio e colocar o povo contra o presidente. Portanto, não se trata apenas de uma questão de saúde pública, mas entra em um contexto sócio-político também.
Espero que tenha ajudado, qualquer dúvida só comentar.