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Governo-geral foi o modelo administrativo utilizado pela metrópole portuguesa para governar sua colônia na América após 1548. Os governos-gerais surgiram após o sistema de capitanias hereditárias mostrar-se incapaz de levar adiante a empresa açucareira que se iniciava no território onde hoje está o Brasil.
Outro motivo para a instauração do governo-geral na colônia portuguesa foi a necessidade de centralizar o poder administrativo da colônia, já que o sistema de sesmarias mantinha-o descentralizado, dando relativa autonomia aos capitães donatários. Essa medida pretendia tornar a administração colonial semelhante ao sistema administrativo da metrópole portuguesa, baseado no Absolutismo.
Semelhante à amplitude do poder detido pelas autoridades no Absolutismo, o governador-geral detinha também amplos poderes. Eles deveriam incentivar a implantação de engenhos, aglutinar os indígenas em povoados e aldeias, buscando neutralizar suas ameaças constantes, seja através do combate ou de alianças com as tribos e nações; reprimir os corsários, combatendo ainda o comércio ilegal de pau-brasil; deveriam ainda organizar e garantir as rendas da colônia, construir navios e fortes para a defesa da colônia, fundar povoações e defender os colonos, além de realizar expedições de busca a metais preciosos.
Para realizar essas funções foram criados alguns cargos de auxílio ao governador-geral. Dentre esses é necessário citar o de provedor-mor, o supervisor das finanças e da arrecadação de impostos; o ouvidor-mor, o responsável pela justiça; e o capitão-mor, o responsável pela defesa da colônia.
O primeiro governador-geral foi Tomé de Sousa, que governou entre 1549 e 1553. A sede administrativa de seu governo localizava-se em Salvador, hoje capital da Bahia. Com ele vieram escravos africanos, mulheres e os primeiros grupos de jesuítas. Estes passaram a ser responsáveis pelo ensino na colônia e por catequizar os índios. Foi no governo de Tomé de Sousa que foi criado o primeiro bispado do Brasil, na cidade de São Salvador.