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O fitoplâncton encontra-se na base da cadeia alimentar dos ecossistemas aquáticos, uma vez que serve de alimentação a organismos maiores. Para além disso, o fitoplâncton é responsável por 98% do oxigênio da atmosfera. Teoricamente, uma vez que se pensa que a vida na Terra começou no mar, o fitoplâncton terá sido o responsável pela aparição dos organismos heterotrófico, que utilizam, não só diretamente o plâncton na sua alimentação, mas também o oxigênio como fonte de energia.
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