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O solo é habitat de microorganismos muito importantes à manutenção do ecossistema. A quantidade e os tipos de microorganismos presentes no solo dependem de fatores ambientais, tais como: A quantidade de nutrientes disponíveis, umidade, grau de aeração, temperatura, pH, adubação e disponibilidade de matéria orgânica. Em ordem de quantidade, as bactérias são a maioria, seguidos por fungos, protozoários e algumas algas, mas estas não são tão frequentes no solo. Nele também ocorrem fenômenos físicos e químicos.
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