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A temperatura no interior do biodigestor é um parâmetro importante para a produção de biogás. As archas que produzem metano são muito sensíveis a alterações de temperatura. Alterações de temperatura que excedam 45 graus célsius ou vão abaixo de 15 graus célsius paralisam a produção de biogás. Assim, outro papel do biodigestor também é o de assegurar certa estabilidade de temperatura para as bactérias.
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