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A principal função do peroxissomos é digerir algumas substâncias, visto que em seu interior estão armazenadas as enzimas oxidases. Essas enzimas oxidam ácidos graxos para a síntese de colesterol.
Também são usados como matéria prima da respiração celular, com o intuito de obter energia.
Em suas reações de oxidação, é produzido o peróxido de hidrogênio (H2O2), e por este motivo, esta organela recebe esse nome.
No corpo humano, os peroxissomos são encontrados nos rins e no fígado. No fígado, eles auxiliam na produção de sais biliares, e também na neutralização de algumas substâncias tóxicas para o corpo, através da catalase.
Desta forma, eles auxiliam na desintoxicação celular proveniente, por exemplo, do uso de medicamentos e álcool.
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