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Metabolismo secundário é o conjunto de reações químicas realizadas pelas células dos seres vivos para sintetizar substâncias complexas das mais simples, ou para degradar complexos e obter substâncias simples. Plantas, organismos autotróficos, além do metabolismo primário presente em todos os seres vivos, possuem um metabolismo secundário que lhes permite produzir e acumular compostos de natureza química diversa. Estes compostos derivados do metabolismo secundário são chamados metabólitos secundários diferencialmente distribuídos entre os grupos taxonómicos, exibem propriedades biológicas desempenhar muitas funções ecológicas caracterizadas pelos seus diferentes usos e aplicações como fármacos, insecticidas, herbicidas, perfumes ou corantes, entre outros. Eles também recebem a denominação de produtos naturais.