Question

havia duas bandeiras rubro-negras para cada passageiro - qual é o sujeito

Answer 1

Oração sem sujeito
Verbo Haver, em caso de fenomenos da natureza, verbos terminados em "-se" são considerados oração sem sujeito

Answer 2

Nesse caso, embora a construção frasal seja com o verbo haver, não está expressando relação de tempo e o verbo haver = existiam [duas bandeiras...]
Logo, o sujeito, nesse caso é "duas bandeiras".
Espero ter ajudado.