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O projeto foi fundado em 1990 e James D. Watson, na época chefe dos Institutos Nacionais de Saúde dos Estados Unidos, assumiu inicialmente a direção do projeto.[1] Em 1990, o PGH tinha o envolvimento de mais de 5000 cientistas, de 250 diferentes laboratórios, que contavam com um orçamento, segundo diferentes fontes, que variou de US$ 3 bilhões a US$ 53 bilhões. O PGH contou com um financiamento de 3 milhões de dólares do Departamento de Energia dos Estados Unidos e do NIH estadunidense.
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