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A função dos lisossomos é fazer a digestão intracelular, que pode ser por fagocitose ou autofagia.
Quando a célula precisa digerir substâncias vindas do meio externo, ela realiza fagocitose. Por exemplo, no caso das células do sistema imunitário humano que atacam células inimigas chamadas antígenos.
A célula inimiga (uma bactéria, por exemplo) é capturada por uma célula APC (célula apresentadora de antígeno, que pode ser um macrófago ou um linfócito) através da fagocitose.
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