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Quando se fala em fórmula estrutural, refere-se à disposição dos átomos para formar uma substância. Logo, assim como é necessário manter uma mesma proporção no número de átomos para formar uma substância idêntica a outra (por exemplo, o caso da água normal e da água oxigenada, em que ambas são formadas pelos mesmos elementos, mas são diferentes pois no caso da água oxigenada há um átomo a mais de oxigénio) é necessário que os átomos (mesmo sendo iguais) sejam arranjados numa forma específica no espaço. Diferenças na disposição dos átomos de carbono são o que diferenciam o diamante da grafite, por exemplo.
A fórmula estrutural de uma substância é, portanto, a forma como átomos se ligam entre si como quando eles se ligam em formato de cristal (sal, diamante, etc...) ou quando eles têm ligação dupla ( O=O ), ou ainda uma ligação simples ( O-O )