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No início do século XVII, a partir do Atlântico, o Amazonas começou a ser ocupado por holandeses, ingleses e franceses, que disputavam direitos que não tinham. Aos poucos, foram invadindo e explorando o delta do rio, comercializando com os nativos nos fortins que levantavam.
Os portugueses partiram de Pernambuco, avançando para o norte, a fim de expulsar os franceses da costa brasileira. Nessa época, São Luís era a cidade mais importante da colônia francesa no Brasil. Em 1616, Francisco Caldeira Castelo Branco fundou a cidade de Belém, na foz do rio Amazonas, para impedir as invasões estrangeiras na região.
Com a expulsão dos holandeses, ingleses e franceses, os portugueses deram início à tarefa de reconhecer o território. Inicialmente erigiram o forte de Gurupá, entre os mariocays, em substituição a um fortim holandês. O rio Tapajós, alcançado por sertanistas que vinham de Belém e São Luís, marcava o limite ocupado.
Pelo Tratado de Tordesilhas, essas terras pertencial à Espanha. Era, então, estranho que os portugueses as dominassem. Isso se deve ao fato de que , com a morte de D. Sebastião e do Cardeal D. Henrique, Portugal fora incorporado à Espanha, da qual só se libertaria em 1640. Portanto, os portugueses trabalhavam para essas duas nações ibéricas.
Enquanto os portugueses se adiantavam pelos afluentes do rio Amazonas, pelo lado do Peru, da Colômbia e da Guiana, as expedições, movidas pelo desejo de encontrar o "Eldorado", percorriam os espaços amazônicos que hoje pertencem à Colômbia e ao Peru. Contudo, não chegaram a alcançar os rios Javari, Içá, Japurá, Negro e Branco. Ficaram apenas nas proximidades.
No relacionamento com os nativos, sentiram a necessidade de trazê-los ao convívio do "homem civilizado". A ordem religiosa dos franciscanos se encarregou de catequisar as nações ameríndias além do Aguarico. Os encabelados eram os mais terríveis, porque não se deixavam dominar e não aceitavam a palavra dos missionários. Um incidente veio a acabar de vez com as pretensões dos evangelizadores. Os encabelados revoltaram-se contra os franciscanos e os soldados, porque Juan de Palácios castigou terrivelmente um nativo. Depois de muitas lutas os encabelados bateram em retirada levando o corpo do capitão Juan de Palácios.
No local não havia mais segurança. Então, alguns dos soldados, seduzidos pelas descrições do português Francisco Fernandes sobre o "Eldorado", dispuseram-se a descobri-lo. Os freis Domingos de Briebas e André de Toledo, inspirados na obra de evangelização dos povos ameríndios, acompanharam-nos nessa viagem.
Em 17 de outubro de 1636, iniciaram a descida do Napo em uma frágil canoa. Passaram por muitos perigos. No rio Tapajós, por exemplo, os nautas foram atacados pelos nativos, que lhe arrancaram as roupas. Após catorze meses de viagem, chegaram ao fortim de Gurupá, onde foram recebidos pelo capitão João Pereira Cáceres. Refeitos, prosseguiram viagem com destino a Belém, de onde seguiram até São Luís, sede administrativa do Estado do Maranhão e Grão-Pará, apresentando-se ao governador Jácome Raimundo de Noronha.
Para efetuar a conquista do rio Amazonas, havia ordens régias que nunca foram cumpridas. A ocasião era propícia, pois os religiosos e os soldados estavam dispostos a regressar para Quito com uma expedição. O então governador, no poder desde a morte de Francisco de Carvalho, refletiu bastante sobre a empreitada. A opinião pública em São Luís era contrária à expedição, pois se alegava que enfraqueceria o Estado se houvesse um avanço do holandeses. No entanto, o governador desprezou todas as observações e passou a organizar ativamente a expedição. Para comandá-la, escolheu Pedro Teixeira, sertanista que não conhecia hesitações e tinha muita experiência, adquirida em vários anos de lutas na Amazônia.
Depois de receber as instruções do governador, Pedro Teixeira seguiu para Belém. A celeuma que se levantou quase provocou o cancelamento da expedição. O argumento era o mesmo que se havia levantado em São Luís.
Assim, com a vinda de nativos da aldeia do Tocantins, a expedição partiu de Cametá. As canoas em que navegavam subiam a quarenta remos cada uma. Os novos expedicionários penetraram no rio Amazonas anotando todas as particularidades, os usos e costumes das centenas de tribos e a fartura em que viviam.
Com a subida vagarosa e a luta contra a falta de conhecimento, no meio da viagem iniciou-se o desânimo. Muitos adoeceram. Percebendo que não estava longe de campear a indisciplina, Pedro Teixeira fez constar a proximidade de Quito e expediu uma flotilha de oito canoas, com o frei Domingos de Briebas e o coronel Bento Rodrigues de Oliveira, para levar a mensagem da chegada da expedição e os mais desanimados.
No encontro do Napo com o Aguarico, lugar da morte de Juan palácios, Pedro Teixeira deixou a maioria das tropas sob o comando de Pedro da Costa Favela, com intenção de, ao regressar, fundar ali um povoado.