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No início da Era Cristã, no Egito, surgiu uma nova fase na química, a alquimia, com base na escola de Alexandria, que era o centro cultural mais avançado do mundo antigo, ponto de confluência das culturas grega, egípicia, mesopotâmica e oriental. Tratava-se de um conjunto de práticas e conhecimentos empíricos profundamente impregnados de alegorias, segredos, superstições e magia.
Os alquimistas eram os mestres de uma tradição hermétrica e acreditavam que as forças sobrenaturais, quando corretamente invocadas, influenciavam nas transformações da matéria.
Os alquimistas ocupavam-se em encontrar o "elixir da longa vida" (uma substância capaz de curar todas as doenças e de conferir vida eterna ao ser humano) e um método para transformar, hipoteticamente, metais (estanho, cobre, chumbo, mercúrio) em ouro (transmutação), o mais perfeito dos materiais, que ocorreria na presença de um agente conhecido como pedra filosofal.
Patra os alquimistas existiam 4 estágios da matéria para a obtenção da pedra filosofal. Nesses estágios a matéria vai mudando de cor: Nigredo, Albado, Citrinitas e Rubedo (escuro, branco, amarelo, vermelho em latim). A observação dessas cores era muito importante para saber se sua obra estava evoluindo de maneira correta.
Nigredo: todos os ingredientes tinham de ser preparados até virarem uma matéria preta, por meio do calor ou do fogo.
Albado: estágio em que a substância é purificada
Citrinitas: é o estágio em que a matéria é despertada e se opera a transmutação dos metais.
Rubedo: é o estágio final em que se produz a Pedra Filosofal.
Eles não encontraram esses materiais, mas, sem dúvida, contribuíram para evolução da química por meio do conhecimento de novas substâncias .
Entre os séculos XVI e XVII Paracelsus, Andréas Lubavius e Robert Boyle, por meio de seus trabalhos, tentaram modificar a alquimia, conferindo a ela um caráter científico.