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São três os tipos, as deteriorações, as patogênicas e as alterações benéficas, além da inocuidade de alguns organismos.
Na deterioração microbiana dos alimentos, temos microrganismos causadores dessas alterações, que fazem mal, como é o caso de bactérias fermentadoras e alguns tipos de fungos, são os microrganismos carniceiros.
Nos patogênicos temos os organismos que causam doenças ao entrar em contato com o alimento, como é o caso da Clostridium botulinum, que secreta a toxina que causa botulismo.
E nos de ações benéficas temos os que ajudam na produção de alimentos, como é o caso das leveduras das cervejas e dos fermentos biológicos.
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