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Para a natureza, as bactérias são importantes porque atuam, juntamente aos fungos, na decomposição. Esse processo é importante porque esses organismos transformam matéria orgânica em produtos inorgânicos, que são aproveitados por outros seres.
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Porque algumas delas são seres decompositores, juntamente com os fungos e protozoários, que decompõem a matéria morta e reciclam a energia nas cadeias tróficas. Ademais, vivem em simbiose com outros seres vivos, como os próprios seres humanos, vivendo em seus intestinos e compondo a flora bacteriana. Lá, as bactérias sintetizam vitamina K (ou anti-hemorrágica) e previnem doenças por competição com outros micro-organismos em nossos intestinos
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