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O Brasil Colônia compreende o período entre a chegada dos portugueses, em 1500, e a independência do país, em 1822. De 1500 a 1530, a exploração do território, então chamado Terra de Santa Cruz, era limitada a expedições para coleta e transporte de pau-brasil, madeira nobre muito apreciada no continente europeu.
Nesse período a costa foi também explorada por holandeses, ingleses e, principalmente, franceses. Apesar de não serem signatários do Tratado de Tordesilhas (acordo entre Portugal e Espanha que dividiu em 1494 as terras recém-descobertas), essas nações enviavam ao Brasil missões para extrair madeira.
Com o objetivo de garantir o controle do território, em 1534, o rei de Portugal, D. João III, decidiu repartir o Brasil em 15 lotes, ou capitanias hereditárias. As áreas eram doadas em caráter vitalício e hereditário aos cidadãos da pequena nobreza portuguesa, os donatários. Entre os deveres dos detentores das terras estavam governar, colonizar, resguardar e desenvolver a região com recursos próprios.
Apesar das regras de funcionamento, o sistema de capitanias hereditárias não prosperou. Entre os motivos estavam a falta de experiência de donatários na administração dos territórios, as dificuldades de comunicação e locomoção. Muitos decidiram abrir mão dos lotes a que tinham direito e regressaram à terra natal. As exceções foram as capitanias de São Vicente e Pernambuco, que prosperaram por causa dos lucros com a cana-de-açúcar.
Em razão desse fracasso, a Coroa Portuguesa estabeleceu em 1549 no Brasil um Governo-Geral, para centralizar a administração e reforçar o controle da colônia, mas as capitanias hereditárias continuaram a existir como unidades administrativas.
Em 1759, foram finalmente extintas e deram lugar às capitanias gerais. Nesse período também foram instaladas as primeiras câmaras municipais, comandadas por ricos proprietários, que definiam os rumos políticos das vilas e cidades. A capital do Brasil nesse período era Salvador, já que a região Nordeste era a mais desenvolvida e rica do país.
A base da economia colonial era o engenho de açúcar, que utilizava a mão de obra africana escrava e tinha como objetivo principal a venda do açúcar para o mercado europeu, além da produção de tabaco e algodão.
O Brasil se tornou o maior produtor de açúcar nos séculos XVI e XVII. As principais regiões açucareiras eram a Bahia, Pernambuco, parte do Rio de Janeiro e São Vicente (São Paulo). O Pacto Colonial imposto por Portugal estabelecia o monopólio comercial da colônia com a Metrópole. O Brasil vendia metais, produtos tropicais e subtropicais a preços baixos, estabelecidos pela metrópole, e comprava dela manufaturas e escravos por valores mais altos, garantindo assim o lucro de Portugal.