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Podemos classificar as bactérias em autotróficas e heterotróficas.
Entre as autotróficas, existem as fotossintetizantes e as quimiossintetizantes As primeiras são aquelas que utilizam a luz como fonte de energia para a síntese de compostos orgânicos. Algumas dessas bactérias, como as proclorófitas e as cianobactérias, realizam fotossíntese semelhante à das plantas e algas.
Já as sulfobactérias realizam um tipo de fotossíntese em que o gás carbônico reage com o gás sulfídrico ao invés da água, produzindo enxofre elementar e não gás oxigênio.
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