Question

por que a letra ç não está no alfabeto

Answer 1

Creio que é porque o ç é considerado um acento

Answer 2

 Porque Ç não é uma letra que não a letra C. 
O "Cedilha" é um sinal gráfico que indica que o C tem valor de S. 
Os acentos agudo, circunflexo e o extinto trema são exemplos equivalentes ao cedilha de sinais gráficos que alteram o valor da letra que os acompanha, a única diferença é que o cedilha se sotopõe à letra enquanto que os acentos agudo, circunflexo e trema se sobrepõem à letra.