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O papel da Igreja Católica na produção intelectual na Idade Média é dividido em fases, e sua influência é, inicialmente, de caráter que alguns podem afirmar ser positivo e, no final, certamente de caráter negativo.
A Igreja Católica foi a primeira responsável por instituições de ensino superior no Ocidente durante a Idade Média. As primeiras foram as gregas, com a Academia de Platão e o Liceu de Aristóteles, mas estas instituições acabaram se desfazendo, sendo a Igreja Católica a responsável pela fundação e manutenção das novas, muito mais parecidas com aquilo que hoje chamamos de universidade.
A Igreja Católica, por meio de suas instituições monásticas, também foi responsável pela preservação e divulgação de inúmeros trabalhos científicos, que eram copiados e arquivados pelos monges copistas.
O dogmatismo religioso, contudo, levou, gradativamente, ao obscurantismo, de modo que, ao final da Idade Média, a Igreja perseguia cientistas e pensadores que não se adequavam aos seus dogmas, de modo que o a produção intelectual, nesta época final da Idade Média, foi prejudicada.
Somente as práticas religiosas poderiam conduzir a Deus e à eternidade. Assim, a Igreja Católica se colocava como a única intermediária entre o homem e Deus.
Desde o período feudal, a igreja já tinha uma hierarquia. O comando da igreja ficava com o Papa, e as divisões internas estabeleciam o alto clero e o baixo clero.
Além desse papel religioso, a Igreja Católica também era uma grande proprietária de terras do período feudal. Durante a Idade Média, os mosteiros católicos eram considerados como centros da vida cultural e intelectual da sociedade.
Nesse período, a igreja caçava os hereges, que eram combatidos com violência pelo Tribunal do Santo Ofício. O objetivo era destruir todos os que fossem contrários à doutrina católica.
Já no fim do sistema feudal, a Igreja Católica passou por uma reforma promovida pelo papa Gregório IX. A partir do século XI, os senhores feudais já não podiam mais nomear os bispos em sua região, e também houve o fim do comércio de bens religiosos, e a imposição do celibato clerical e dos movimentos das cruzadas.