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A principal diferença entre os aminoácidos essenciais e os naturais é o local de produção destes. Os aminoácidos naturais são os doze aminoácidos que o nosso o organismo produz. São eles: tirosina, arginina, serina, alanina, histidina, asparagina, glicina, glutamina, cisteína, prolina, ácido aspártico e glutâmico.
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