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As principais diferenças são que os protozoários são seres unicelulares e heterotróficos, ou seja, não produzem o seu próprio alimento.
Já as algas são seres pluricelulares e autotróficos, são capazes de produzirem o seu próprio alimento, elas produzem a fotossíntese e são a base da cadeia alimentar aquática.
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