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O NADH transfere os elétrons de alta energia, para o primeiro dos três complexos proteicos localizados na membrana interna das mitocôndrias, responsável por bombear H+ para o espaço intermembranar.
E FADH2 transfere para o segundo complexo proteico bombeador de íons H+ nas membranas internas das mitocôndrias. Assim, ao contrário dos elétrons fornecidos pelo NADH, que passam pelas três bombas de H+, os do FADH2 passam por duas. Por isso, às vezes se lê que os elétrons do FADH2 têm menos energia ou algo do tipo.
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