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A água que percorre a esponja é muito importante, pois ela traz alimento e oxigênio, além de eliminar os elementos do catabolismo. Os alimentos constituem-se de plâncton e de partículas orgânicas. Os coanócitos são responsáveis pela captura dos alimentos.
As partículas alimentares são atraídas pela vibração do flagelo, e passam pela fagocitose na base do colarinho, constituindo em torno delas um vacúolo digestivo. Nem sempre os coanócitos realizam a digestão, em alguns casos, o alimento que foi capturado por eles é transferido para um amebócito que se responsabiliza pela digestão. Toda substância excretada ou ejetada pela esponja é levada para o fluxo de água e eliminada para o meio externo.
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