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A ocupação da região Sudeste teve seu início associado ao período das Grandes Navegações, em meados do século XVI, com a fixação dos luso-brasileiros na região costeira do Brasil desde o Oiapoque, ao norte, à baía de Paranaguá, em Santa Catarina, ao sul. O intuito da colonização foi obter a soberania do território e protegê-lo de invasores franceses.
Enviado diretamente pelo rei de Portugal, D. João III, o nobre português Martim Afonso de Sousa realizou uma grande expedição colonizadora. Martim Afonso foi o descobridor e fundador da Capitania de São Vicente, para onde veio juntamente com a sua armada, fundando, em janeiro de 1532, o primeiro povoamento do Brasil. Essa faixa litorânea se caracterizou pelos violentos conflitos entre povos indígenas e colonizadores portugueses e franceses.
No entanto, a colonização se consolidou com a chegada das missões jesuíticas. O primeiro Governador Geral, Tomé de Souza, trouxe os primeiros jesuítas (liderados pelo padre Manoel da Nóbrega) com o objetivo de encontrar e catequizar grupos indígenas presentes no “Novo Mundo”. Entre outros membros da missão jesuítica, destacou-se o padre José de Anchieta, que subiu a Serra do Mar, chegou até o Planalto de Piratininga (atual cidade de São Paulo), e fundou, em 25 de janeiro de 1554, um colégio que em pouco tempo tornou-se a Vila de São Paulo de Piratininga.
Neste período, os donatários, responsáveis pelas capitanias hereditárias, dividiram-nas em grandes glebas de terra conhecidas como sesmarias, que consistia na permissão do uso das terras para colonos. Uma parte dos colonos que vivia nos vilarejos da capitania de São Vicente iniciou uma jornada rumo ao interior das capitanias com o objetivo predominante de caçar índios e procurar ouro. O bandeirantismo nasceu na cidade de São Paulo, aproximadamente entre 1580 e 1730, alcançando a região de Minas Gerais na segunda metade do século XVII. Até esse momento, os estados que compõem a região Sudeste ocupavam lugar modesto no conjunto da economia brasileira, baseada na exploração do pau-brasil, no plantio de cana-de-açúcar e na agricultura de subsistência.