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Olá, tudo bem?
É justamente a presença do núcleo que nos permite fazer essa diferenciação. Pois as bactérias são seres eucariontes, e portanto, não possuem a membrana nuclear e desse modo não possuem núcleo.
Enquanto os protistas são seres eucariontes podendo ser ou não unicelulares, que possuem essa membrana e consequentemente possuem núcleo.
Espero ter ajudado!
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