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Os fatores que afetam a simbiose com as bactérias fixadoras de N, são o pH do solo, incenderia de algum agrotóxico na área, a especies de plantas, pois existem uma especifidade de cada bactéria para cada especie.
Outro fator é a existência de oxigênio na área, o que não favorece a síntese de nitrogênio, assim diminuído a atividade da bactéria e podendo ate deixa-la sem atividade fixadoras de N, dependendo de onde a bactéria esteja pode ser mais ou menos efetiva, as mais efetivas são as endo que são as produtoras de nódulos.
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