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Elas são classificadas, principalmente, de acordo com os pigmentos que possuem e substâncias que armazenam. As algas unicelulares pertencem aos Filos Bacillariophyta, Chrysophyta, Dinophyta e Euglenophyta. Já os filos que abrigam representantes multicelulares são: Charophyta, Chlorophyta, Phaeophytae Rhodophyta.
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